Se sitúa en un pintoresco emplazamiento sobre un monte elevado por encima de los campos y los barrancos, en el Parque natural de la Sierra de Espadán. El pueblo se encuentra a una altura de 644 m. sobre el nivel del mar. Villamalur tiene una altura media de 700 m. Destacan entre sus montes el Alto del Pinar, con una altura de 1047 m..

Gran parte de su término municipal se halla poblado de grandes extensiones de bosque en donde las especies predominantes son los pinos, alcornoques y encinas. Así, 1650 hectáreas del término municipal están ocupadas por extensiones boscosas.

Los orígenes exactos de la población son desconocidos, si bien su fundación se atribuye a la existencia de una supuesta alquería musulmana, hecho avalado por el castillo alzado en sus proximidades, de fábrica islámica. Su nombre actual, que ya aparece documentado en 1489, según algunos autores podría haber sustituido a su hoy ignorada denominación musulmana.